手本となるEPUBファイルをUNZIP（解凍）して編集を加えてからZIP（圧縮）するとEPUB本がつくれる件
圧縮（ZIP）してEPUBファイルを生成する工程
最後の仕上げとなる［圧縮（ZIP）してEPUBファイルを生成する工程］を行なう場において［手本のEPUBファイルを解凍（UNZIP）解凍する工程］を行なったほうがよいと考えられる。
それゆえに、まずは［手本のEPUBファイルを解凍（UNZIP）解凍する工程］を行なう場を設定する。
macOSの場合
■簡単EPUB3作成-手順7.パッケージする - 電子書籍がつくれる情報サイト「epub.works」
■EPUBファイルをZip化して編集し、再度EPUBファイルにする方法｜電子書籍出版ラボ
Windowsの［デスクトップ］に［EPUB-MAKER］というフォルダーをつくる
［デスクトップ］の中の［EPUB-MAKER］というパスやフォルダー名は任意ですから、ご自身で好きな場所にフォルダーをつくってください。
コマンドプロンプトは、管理者権限で起動したほうが、いろいろと制約がありません。